Das Museum ging 1908 aus der 1835 angelegten Sammlung der Gesellschaft für Naturkunde hervor und hatte seinen Standort anfangs in einem klassizistischen Gebäude aus der Mitte des 19. Jahrhunderts an der Akadimias-Straße. 1979 wurde die Sammlung von dort zum neuen Universitätscampus gebracht, wo sie bis 1996 eingelagert blieb. Ein Versuch, die Vitrinen aus dem 19. Jahrhundert zu reparieren, führte zu erheblichen Schäden an der Sammlung: Fast alle Exponate mussten wieder ihren Etiketten zugeordnet werden, ehe das Museum 2000 erneut eröffnet werden konnte.